Je suis d’accord, et je l’ai bien dit, c’est surtout pour tester Ubuntu et montrer ce que ça vaut. Maintenant, je ne suis pas d’accord avec tous les arguments de ce billet, que j’avais aussi lu :
* la fragmentation : certes NTFS fragmente, mais, à l’heure actuelle, il est improbable de ne pas pouvoir avoir un fichier de 2Go maxi avec les clusters non contigus, à moins d’avoir un disque bourré de films de vacances…
* les virus : les virus actuels, qui sont plutôt des vers, ne font que rajouter des exécutables, et effacer au pire d’autres exécutables et des films/musiques de vacances. Donc à vrai dire, je pense qu’il est très très improbable qu’un “virus” s’attaque à ces fichiers, à moins qu’il n’ait été conçu pour ça.

La liste des inconvénients :

* À cause de l’usage d’un fichier virtuel comme partition, les performances d’Ubuntu sont grandement réduites, sachez que ce fichier virtuel se trouve de plus sur une partition réelle généralement formatée en NTFS : la fragmentation guette, adieu la merveilleuse journalisation de l’EXT 3/4.
* L’Hibernation est inactive, en effet, il n’y a pas de partition SWAP avec une installation d’Ubuntu via Wubi
* La dépendance vis-à-vis du système Windows : si au contraire, l’utilisateur est pleinement satisfait d’Ubuntu, et qu’il désire se débarrasser de son système Windows propriétaire, celui-ci ne le peut pas de manière facile et évidente : Ubuntu-Wubi dépend de Windows, du moins de son C:\.
* Si vous êtes infecté par un virus ou un vers sous Windows, votre Ubuntu est vulnérable, ce qui n’aurait pas été le cas s’il s’agissait d’un vrai dual-boot, ainsi, vous perdez la robustesse des systèmes GNU/Linux dont on vous avait tant fait la propagande.

Tiré du site : http://www.ff-irc.net/index.php/post/2008/04/27/Le-point-sur-Wubi